本发明提供了基于海扁虫运动方式的仿生水下航行装置及其控制方法，其结构包括两个支杆、两个驱动杆和若干摆动杆，摆动杆套设在支杆上并与支杆转动连接，驱动杆通过偏心机构与摆动杆的端部滑动连接，通过偏心机构带动所述摆动杆沿支杆转动，通过摆动杆的上下循环摆动产生动力；驱动杆分别与驱动电机连接用于带动驱动杆转动；舵机的输出轴连接有转动杆，转动杆的两端分别铰接有调节杆，两个支杆的端头部设置在滑轨内且能在滑轨内滑动。本发明通过采用了仿生海扁虫的波动式前进方式，通过改变两个支杆之间的距离来改变波形，从而使得前进速度进行改变。本发明没有螺旋桨产生的与推进方向垂直的涡流，流体性能更好以上，能量利用率高。