本发明实施例提供了一种转录组序列分类方法、装置、电子设备及计算机可读存储介质，本发明实施例中，转录组序列分类预测模型预先学习了多个已知类别的微生物的转录组序列的碱基序列、密码子序列和氨基酸序列，从而，本发明实施例采用的转录组序列分类预测模型，可以结合待分类转录组序列的碱基序列、密码子序列和氨基酸序列，准确地预测该待分类转录组序列所属的微生物类别。本发明实施例中，通过对转录组序列进行比对和预测，可以确定转录组序列所属的微生物类别。从而可以从虫媒介宏转录组中发现更多的未知的RNA病毒(主要的人类病毒)，以作为疾病的检测、防控，以及新病毒或其他病原体的研究的基础。