本申请涉及一种基于X光透镜的低剂量微型锥束CT扫描系统和方法。所述系统包括：带有毛细管聚焦X光透镜的微焦斑X射线源，平板探测器，电动旋转平移台；所述带有毛细管聚焦X光透镜的微焦斑X射线源包括X射线控制器、X射线管，用于发射扫描光线；所述电动旋转平移台包括电动旋转台、样品固定装置，对样品进行三维扫描；所述平板探测器用于将光信号转化为数字信号；所述主控计算机用于控制所述微焦斑X射线源、平板探测器和电动旋转平移台进行信号采集、控制和图像重建。采用本系统和方法可以有效缓解X射线束硬化效应引起的图像均匀性恶化问题，减少半影模糊以及X射线束的硬化伪影效应，提高图像的均一性，获得更高分辨率的CT扫描图像。