本发明提出了一种服务器时间同步装置、方法和一种服务器，该装置包括第一控制模块、可编程逻辑芯片、第二控制模块和时钟芯片；可编程逻辑芯片分别与第一控制模块和第二控制模块连接；时钟芯片也分别与第一控制模块和第二控制模块连接；第一控制模块用于发出对时间操作的第一指令，以及根据第二控制模块反馈的第二指令通过时钟芯片执行对时间的操作；可编程逻辑芯片用于第一指令发送至第二控制模块，并将第二指令再透传至第一控制模块；第二控制模块用于在接收到第一指令后，拉低第二指令电平。基于该装置，还提出了时间同步方法和一种服务器。本发明避免中央处理器和基板管理控制器在读取或设置时钟芯片时间时潜在的冲突风险，实现时间的同步。