本发明公开了一种基于量子计算的配体‑蛋白相互作用的预测方法，属于量子计算和计算生物学领域，包括：获得配体药物分子与蛋白分子的3D结构；使用量子隐马尔可夫模型对蛋白分子的3D结构进行预测，得到蛋白分子上可能存在的结合位点；将配体药物分子与结合位点对接，并使用量子卷积神经网络提取影响配体‑蛋白对接的特征；根据影响配体‑蛋白对接的特征对对接过程进行打分，预测得到配体‑蛋白相互作用的效果。本发明基于量子卷积神经网络描述分子对接的相关信息，使用量子隐马尔可夫模型预测受体蛋白上可能存在的结合位点，实现分子对接和蛋白质结构的同步预测，同时将量子计算与生物医药领域结合，解决蛋白质3D结构预测的困难。