本申请涉及一种基于图神经网络的异源兴趣点匹配方法和装置。该方法包括：获取目标地域范围的第一兴趣点集合和第二兴趣点集合，根据第一兴趣点集合构造第一兴趣点图谱，根据第二兴趣点集合构造第二兴趣点图谱；从第一兴趣点集合和第二兴趣点集合中筛选出多对初步兴趣点匹配对，对该多对初步兴趣点匹配对进行标注，得到多对种子兴趣点匹配对；根据第一兴趣点图谱、第二兴趣点图谱和该多对种子兴趣点匹配对对图神经网络模型进行迭代训练，得到训练好的图神经网络模型；通过训练好的模型处理第一兴趣点图谱和第二兴趣点图谱，根据处理结果确定第一兴趣点集合和第二兴趣点集合中的所有兴趣点匹配对。本申请能提高对异源兴趣点的匹配准确性和匹配速度。