本发明涉及一种长定子双馈直线电机恒电功率准同步运行控制方法及系统，所述控制方法包括定子侧控制和动子侧控制，其中，所述定子侧控制为定子电流标量控制，基于获取的定子电流幅值参考和定子电流频率参考，以及实时检测的定子电流反馈信息，实现对定子电流幅值和定子电流频率的控制；所述动子侧控制为基于磁场定向的动子电流矢量控制，根据实时检测的气隙间隙、动子速度和直流侧电功率，产生动子电流矢量参考以及所述定子电流幅值参考和定子电流频率参考，基于动子电流矢量参考、动子电流反馈信息和动子电流矢量角实现动子电流幅值和相位的控制。与现有技术相比，本发明具有定、动子控制之间均不需要对方磁场位置的直接信息，安全性高等优点。