本发明公开了一种基于单光子量子的医学影像中病变位置的定位方法，属于量子光学与医学实验领域，通过获取已知病变位置的医学影像，并对病变位置进行标注，得到病变位置标签并编码；使用单光子照射所述医学影像，建立医学影像中每个像素点与光子的量子态的对应关系，得到医学影像的量子态；对医学影像的量子态进行幺正变换，并转换为一个携带了所有像素点信息的单光子行向量，并根据单光子行向量对所述病变位置标签进行定位；不断更新幺正变换的参数对所述病变位置标签重复定位，得到定位最准确的优化模型。将量子领域与光学实验相结合，通过合理的量子计算方法与病变位置特征的合理应用，解决医学图像病变位置定位过程中的风险高、效率低的问题。