本发明属于深海原位水体富集过滤和固定领域，具体地说是一种原位多通道水体富集过滤和固定装置及方法，装置包括富集过滤部分、多通道转换部分、泵注入部分、控制和电源部分，富集过滤、固定为各部分液体通道相互流通完成。本发明满足水体微生物的富集过滤需求，使用蠕动泵多泵头方式和多通道转动阀体完成水体的高通量过滤和各种底液注入；本发明取样通道多，固定效果好，工作灵活稳定，并可快速、有效地获取过滤膜样品，并进行原位固定，其连通性和封闭性使用单项阀体去完成，减小了大量的外部结构和额外阀体，其具有极大的实用性。