本发明属于环境保护溯源技术领域，具体涉及一种磺胺类抗生素地下水污染的溯源方法及系统，包括：收集溯源区域的信息并采集地下水样，并对采集的水样进行预处理，提取预处理后的水样中的磺胺类抗生素并对其含量进行测定并分析，得分析数据；对分析数据进行分析与预测，若检测到分析数据大于预设阈值时，水样异常，否则溯源区域的地下水样中的磺胺类抗生素的含量符合水质标准；获取水样异常信号对应的溯源区域的信息，并启动应急响应后运行应急监测；通过计算溯源区域的水样中的污染排放参数的估计值或概率分布，得到污染源信息，重复上述步骤，直至溯源搜索范围缩小到可通过现场排查找到污染源。本发明能够快速对地下水中磺胺类抗生素进行溯源。