本发明提供一种获取折叠相位的方法、三维重建的方法及系统，获取折叠相位的方法包括：投影单元以扫描的方式向待测物体投影背景光强，利用相机采集背景图像；在相机的一次曝光时间内，投影单元向待测物体分别投影多幅不同的相移图；利用相机将多幅不同的相移图进行光场叠加得到光场叠加图，光场叠加图是分子图像或分母图像；依次获取多个条纹频率的分子图像和分母图像；利用背景图像和每一个条纹频率所对应的分子图像、分母图像获取每一个条纹频率的折叠相位。在一次曝光时间内相机采集到的图像包含两幅以上的相移图案，可减少图像采集时间；相机对光强具有加法作用，将相位解算表达式中的累加运算前置到图像采集环节中，省略了后续算法的计算量。