本发明公开了一种基于计算机的化学反应参数计算方法，步骤包括：S1、在蛋白质晶体结构文件中收集蛋白质的初始结构，在蛋白质晶体结构文件的基础上得到催化酶的初始结构文件；S2、将蛋白质初始结构文件导入AMBER软件，进行分子动力学模拟，模拟蛋白环境；S3、将不同外在环境(如不同pH值等)作为干扰条件，记录不同干扰条件下蛋白质结构的变化；S4、将分子动力学模拟后的蛋白质结构文件导入高斯软件；利用高斯软件对结构进行优化。该基于计算机的化学反应参数计算方法，通过快速的计算能力，得到催化酶在不同状态下氨基酸和底物作用，使人们对各种催化酶的性质更加了解，更有利于以后的应用。