本发明公开了一种薄矿体上下中深孔嗣后充填采矿法，包括以下步骤：依据矿体产状及倾角，沿矿体布置采场，不预留顶、底间柱；确定采场参数；采切，中段水平沿矿体施工底部沿脉巷，沿脉巷兼顾底部受矿巷、切割巷及底部凿岩巷，脉外施工运输巷，并施工出矿巷连接沿脉巷与运输巷；在上中段沿矿体施工沿脉巷，并根据下向凿岩设备及爆破参数，确定沿脉巷的尺寸；切割天井采用上下两段两次爆破成形；回采，在上下沿脉凿岩空间内采用双向交错的方式同时施工下向孔和上孔，所有钻孔均为平行孔，然后采用两次起爆或者依次起爆的方式落矿，通过脉外运输巷经出矿巷至沿脉巷内出矿；充填，将各个通道封堵，对空区进行嗣后充填，可快速高效低贫损回采薄矿体。