本发明提供一种基于碳纳米管通道的纳流控芯片加工方法。包括：在除水的基底上旋涂一薄层光刻胶并加热使其固化；将碳纳米管薄层通过热释法转移至光刻胶薄层表面的预定位置；在光刻胶薄层表面旋涂另一层光刻胶将碳纳米管嵌入其中；加热使光刻胶溶剂挥发，之后进行光刻操作，在基底上加工开式微米通道系统，光刻操作后碳纳米管部分暴露在微流通道中；将通道中倒入液态PDMS将暴露在通道中的碳纳米管嵌入PDMS，将PDMS固化并剥离，获得带有碳纳米管通道的纳流控芯片基底；对PDMS表面进行等离子氧化处理，将其和S5中所述碳纳米管通道的纳流控芯片基底进行等离子表面氧化处理，最终进行芯片键合，获得基于碳纳米管构建的纳流控芯片。本发明完整性好、制作效率高。