本发明公开了一种基于AFM划刻石墨烯的纳流控芯片及其制备方法，所述方法包括以下步骤：在硅片上刻蚀微流道与第一对准标记；在BF33玻璃上制作第二对准标记；清洗刻蚀微流道与第一对准标记后的硅片和制作第二对准标记后BF33玻璃；将石墨烯样品转移到清洗后的硅片和BF33玻璃指定位置上；通过AFM对所述硅片上的石墨烯加工石墨烯纳米通道；通过所述第一对准标记和所述第二对准标记，将加工石墨烯纳米通道后的硅片和放置石墨烯后的BF33玻璃进行阳极对准键合，得到纳流控芯片。该方法不仅加工精度高，操作简单，与传统技术兼容性高，可设计的空间大，而且制备得到的纳米通道具有较高的长径比，通道尺寸在纳米到几十纳米的范围内连续精确可控，密封性较好。