本发明公开了一种微型超近距离大景深复眼成像系统，包括：第一微透镜阵列，包括多个离散分布的第一子透镜，第一子透镜的前表面是凸向物侧的非球面；第二微透镜阵列，包括多个离散分布的第二子透镜，第二子透镜的后表面是凸向像侧的非球面；第二子透镜和第一子透镜对应设置，并且，第一子透镜的后表面和第二子透镜的前表面贴合或邻近设置，组成一个子成像通道；第一子透镜的直径和第二子透镜的直径相等，均小于1mm。上述微型超近距离大景深复眼成像系统，通过两片离散微透镜阵列成像，具有大景深、高分辨率以及便携性，适用于需要较短共轭距和较小体积的微距摄影场合。