一种低渗砂砾岩储层数字岩心结构提取方法：获取目标储层的岩心铸体薄片图像，统计矿物组分的粒径，确定储层岩心结构类型的个数；获取目标储层的数字岩心，并进行切片，绘制对应切片的数字岩心体素的灰度直方图，统计不同岩心结构类型的数字岩心体素灰度值范围；确定数字岩心结构分析所需阈值的个数；确定不同岩心结构类型体素灰度值大小关系；利用最大类间距方法，对数字岩心切片进行多阈值优选计算，得到砂砾岩储层数字岩心最优阈值；基于最优阈值结果，进行数字岩心阈值分割，获取不同岩心结构类型的数字岩心体素点阵，完成数字岩心结构提取。本发明能够实现岩屑填隙物的准确提取，能够有效表征骨架颗粒、基质胶结物、孔隙裂缝等数字岩心三维结构。