本发明涉及地质剖面图有限元分析技术领域，特别是涉及一种用于有限元分析的地质剖面多段线优化方法和系统。具体包括以下步骤：S1，在地质剖面图上找到所有多段线的交点，在交点位置将多段线分段，求得所有多段线的顶点和交点，构建邻接链表；S2，基于交点，扩展所述邻接链表，并将重复的线段进行剔除，建立新的拓扑关系；S3，在新的拓扑关系的基础上，基于广度优先算法自动连接多段线，构成用于有限元分析的初始化图；S4，对初始化图进行邻近点简化和邻边角度简化，得到优化后的用于有限元分析的剖面图。实现由计算机自动对地质剖面进行优化，并将优化后的图直接用于有限元分析，可以大幅度提高有限元分析计算的效率。