本发明涉及医疗器械技术领域，具体涉及一种医用悬浮床除菌系统及方法，包括底板、悬浮仓、伸缩气缸和除菌装置，伸缩气缸与底板固定连接，悬浮仓与伸缩气缸的输出端固定连接，除菌装置包括除菌箱、步进电机、丝杆、螺母和除菌喷嘴，除菌箱设置在底板的内部，悬浮仓具有安装腔，步进电机固定安装在安装腔的内部，丝杆与悬浮仓转动连接，且丝杆的一端与步进电机的输出端固定连接，螺母套设在丝杆的外部，除菌喷嘴与螺母固定连接，且除菌喷嘴与除菌箱管道连接，以对悬浮仓的自动除菌，以提高医用悬浮床的实用性。