本发明适用于环境监测技术领域，提供了一种地表水水质自动监测站运行效果评价方法、系统、介质及设备，方法包括建立指标体系；计算单项指标的功效系数值；计算类别指标的功效系数值；计算类别指标的权重；计算指标体系的总功效系数值；等级评价。本发明创造性地提出分类、分级、分期、分区的评价思想，采用功效函数法、分类变权法很好的解决了多种因素影响下的综合定量评价以及因素权重随评价周期变化的问题。与此同时，在单个自动站运行效果评价的基础上，引入区域(流域)水质自动监测站运行效果评价，依托评价区内国控属性、非国控属性自动站的各自评价结果，完成综合评价，可更加精准地反映区域(流域)内地方保障能力以及运维技术水平。