本发明涉及一种用于制备三氟化硼络合物的系统及方法，该系统包括：多管反应器：包括反应器壳体、以及布置在反应器壳体内的沿竖直方向间隔布置的若干段反应段，所述反应段的上端和下端分别设有液相分布器和气相分布器，所述反应段由平行竖直安置的若干反应管组成，且所述反应管的上下开口分别连接所述液相分布器和气相分布器，所述的反应器壳体上端设有气相出口与液相进口，下端则设有液相出口，最底端的反应段的下方还设有气相进口；连接所述液相出口的络合剂分离塔。与现有技术相比，本发明可以得到99％及以上络合度的三氟化硼络合物，同时具有生产效率高、工艺安全性更高、过程更加可控等优点。