本发明公开了一种高通量核酸打印机，包括壳体、加样机构、微流控液路机构、合成机构与电化学机构，合成机构包括夹持组件与至少一个高通量合成芯片，夹持组件具有至少一个容纳腔，用于安装高通量合成芯片；微流控液路机构与加样机构连接，还与合成机构连接，用于向容纳腔加入原料试剂和排出高通量合成芯片产生的废液；电化学机构用于施加合成电压或者合成电流，以使得碱基试剂在高通量合成芯片上进行原位合成，得到目标产物。本发明采用高通量合成芯片，利用电化学方法进行合成，能够高效快速地在高通量合成芯片上实现高通量原位合成；同时，整体设备体积较小，利于小型化集成，成本较低。