本发明公开了一种肠器官仿生芯片，包括三层依次叠放的基片固定成的整体，其中底层基片、中层基片和上层基片均为聚二甲基硅氧烷材质，上层基片两侧分别开设有注液孔和排液孔，注液孔和排液孔对应中层基片与上层基片之间开设有多条微流通道，中层基片对应各个微流通道均开设有用于培养肠器官的培养室，底层基片对应培养室的位置通过刻蚀作用形成磨砂层。具有便携性的特点，尺寸比较小，高通量，用于多组检测数据，模拟体内的生理学微环境环境，便于肠细胞三维培养、显微观察和生化分子检测，一次性获得多组数据。