本发明涉及一种航天器能源系统设计方法，包括以下步骤：S1、构建通用航天器供配电系统模型；S2、使用先验的在轨数据，输入循环神经网络RNN进行数据泛化，实现先验经验数据的精细化挖掘；S3、构建实际航天器供配电系统模型；S4、地面设计阶段，根据航天器任务序列对能源平衡进行归类和建立子样本，生成地面测试用例；S5、根据航天器地面实际测试数据采用数据挖掘的方法，对实际航天器供配电系统模型可建模状态进行校正、无法建模状态进行数据拟合；S6、在轨运行阶段，根据在轨实测数据采用数据挖掘的方法，对实际航天器供配电系统模型进行在轨高精度校正。有益效果是根据运行环境、任务序列、各单机工作状态及以往在轨数据设计航天器能源分系统。