本发明公开了一种卫星载荷在轨重构实施流程的优化方法，解决了重构任务实施中暴露出用时长、协调多、各方衔接紧密以及影响因素复杂的技术问题，包括：接受重构任务、卫星重构准备、重构程序数据上注准备、重构程序数据上注、数传数据下传比对、重构程序数据广播至卫星载荷、EEPROM数据下传比对、同一FPGA扇区上注三次重构程序数据、程序加载，确认状态、循环操作，完成重构任务。本发明优化了卫星在轨重构实施方法，完善了卫星操控任务流程规范，满足了未来在轨应急任务需求，提升了操控响应时效，提高了装备在轨适用性。为推动航天装备运用与发展提供了方法参考。