本发明提出了一种基于医疗知识图谱的疾病自动问答系统、设备及介质，通过知识图谱构建模块搭建基于医学知识图谱MedKG的疾病自动问答系统后台知识总库；疾病问句特征选择模块识别用户病情提问语句中的疾病特征词并转化为词向量；知识图谱嵌入模块建立与疾病特征词相关联的医学知识图谱内实体及实体关系到低维向量的空间投影，生成关联实体向量；多通道卷积神经网络模块将疾病特征词向量与相关知识实体向量作为多通道输入网络模型进行训练，实现预测功能；自动化部署模块将各系统各功能模块部署在云服务器上，供客户端实时调用。本发明将疾病自动问答系统和知识图谱深入融合构建知识图谱疾病自动问答系统，在自动化精准问诊等方面具有重大意义。