本发明公开了一种大叶蛋白菊花青素的提取方法，包括以下步骤：将乳酸、甘油和氯化胆碱制备的天然低共熔溶剂配制成含水量为40％、30％和20％的第一溶剂、第二溶剂和第三溶剂；大叶蛋白菊粉末与第一溶剂在500W、40℃下提取10min，过滤得第一滤液和第一滤渣；第一滤渣与第二溶剂在600W、45℃下提取5min，过滤得第二滤液和第二滤渣；第二滤渣与第三溶剂在700W、50℃下提取3min，过滤第三滤液；第一滤液、第二滤液与第三滤液合并得提取液。本发明能够显著提高大叶蛋白菊花青素的提取得率，且提取过程中使用的药品绿色环保，所得大叶蛋白菊花青素可用于制备保健品、药物或饲料添加剂，进而有利于推动大叶蛋白菊的开发和利用。