本发明公开了一种脑部影像数据处理方法和系统，包括：获取连续N张脑部影像图片；对N张脑部影像图片按照时间进行排序；取一张脑部影像图片，定义为第一脑部影像图片；将第一脑部影像图片进行信息增强，得到第一信息增强图片；基于第一信息增强图片，对其进行第一次分割，得到若干第一区域块；获取若干第一区域块的属性信息；基于属性信息对若干第一区域块进行区域重建，直至N张脑部影像图片均区域重建完毕，从中选择第一参考图片以及相邻的第二参考图片和第三参考图片；基于相关性，将目标区域从上述参考图片中提取，直至将所有的图片处理完成；将处理完成图片通过显示终端逐一呈现。该方式具有处理速度更快，精度更好的优点。