本发明公开了一种基于Transformer‑GRU的智能变电站二次系统故障定位方法，包括如下步骤：针对各间隔二次设备的每个故障情景，收集来自相关设备的告警信号，形成告警信号集合及对应故障位置；针对各间隔的每个故障情景，构造特征矩阵；针对各间隔中的小样本，对其进行复制；考虑网络延迟，针对各间隔的每个故障情景，将该故障情景下各时刻的行向量的顺序打乱，得到多个特征矩阵；分别构造各间隔的Transformer‑GRU故障定位模型；分别训练各间隔的Transformer‑GRU故障定位模型；将各间隔的测试集送入Transformer‑GRU故障定位模型进行测试，完成二次系统的故障定位，并统计各模型的测试准确率。本发明能够对变电站二次系统故障进行准确的定位，为运维人员提供高效准确的辅助决策。