本发明公开一种基于故障特征比较的微服务系统故障根因定位方法，目的是从多节点级别提取故障特征，实现对微服务系统故障根因的节点级别定位。技术方案是先构建故障根因定位系统；获取已知故障数据并根据故障数据构建服务依赖图列表和异常服务依赖图列表；确定显式、隐式节点列表；对故障根节点进行编码得到已知故障编码；存储故障信息在标准编码文件；对未知故障数据进行预处理；搜索底层显式、隐式节点构成潜在故障根节点列表；对潜在故障根节点列表进行编码；根据标准编码文件生成已知故障字典；对已知和未知故障编码进行比较分析，得到故障根节点。本发明基于已知故障对未知故障进行分析，实现了故障根节点和故障类型的准确定位。