本发明公开了一种微服务系统的故障根因定位方法，实时获取微服务系统中的调用链数据，将调用链数据转换为四个业务指标并实时监测，当发现异常时，利用异常时间段内的调用链构建服务拓扑图、进程拓扑图和主机拓扑图，并计算拓扑图上每个节点的异常分，最终按照深度从大到小、先进程后主机的顺序定位到根因节点，即进程节点或主机节点。本发明获取到的调用链数据，不仅能动态构建主机层面的拓扑关系，还能动态构建进程层面的拓扑关系以及服务层面的拓扑关系，为更准确的根因定位提供了数据保障。本发明利用无监督算法，实时分析异常时间段的调用链数据，无需训练数据和标签。