本发明涉及一种低成本的西他列汀磷酸盐的制备方法，属于医药化工领域。其内容包括提供一种菌株、产羰基还原酶菌株的筛选、底物的还原、包埋法固定化细胞、西他列汀的制备、西他列汀磷酸盐的制备。本发明的羰基还原酶催化还原4‑氧‑4‑[3‑(三氟甲基)‑5,6‑二氢[1,2,4]]三唑并[4,3‑a]吡嗪‑7(8H)‑基]‑1‑(2,4,5‑三氟苯基)丁‑2‑酮(Ⅰ)，然后利用细胞固定化实现(S)‑3‑羟基‑1‑[3‑(三氟甲基)‑5,6‑二氢[1,2,4]三唑并[4,3‑a]吡嗪‑7(8H)‑基]‑4‑(2,4,5‑,三氟苯基)丁‑1‑酮(Ⅱ)高效、选择性制备，从而西他列汀磷酸盐的产率和ee值均大于99％，该方法反应条件温和、对环境友好，主要原料廉价易得，为合成抗糖尿病药物西他列汀磷酸盐提供了一种新的路线。