本发明公开了一种基于模拟退火算法的虹膜识别隐私保护方法及系统，在注册阶段，以一条与原始虹膜数据等长的随机二进制串为优化的目标，设计基于负数据库的评估函数。再通过引入模拟退火算法对原始虹膜数据做不可逆变换，以算法最优解和原始虹膜数据的异或串为虹膜模板进行传输存储，并用于识别阶段。在识别阶段，对用户的实时虹膜数据以相同的步骤进行虹膜模板的转换，并计算转换后的模板与数据库中所有数据之间的海明距离，当海明距离小于或等于阈值时则识别成功，若模板与数据库中所有数据的海明距离都大于阈值时，识别失败。经过实验验证，本发明可以在满足不可逆性，可撤销性和不可链接性的同时达到较好的识别精度。