本发明提供了一种基于多任务学习的临床风险预测系统，包括计算机存储器、计算机处理器以及存储在计算机存储器中并可在计算机处理器上执行的计算机程序，计算机存储器中存有训练好的临床风险预测模型；临床风险预测模型采用软参数共享多任务学习模型，先将所有子任务的数据通过底部共享层嵌入到同一语义空间中，再通过子任务特定嵌入层提取每个子任务独有的特征，然后通过概率采样网络将提取出的特征映射到一个概率空间；接着通过多重注意力机制将不同子任务学习到的特征进行知识传递形成复合特征；最后每个子任务特定输出层输出预测结果。本发明可以对风险进行预警，为医生决策提供帮助。