本发明公开了一种全自动样品运转系统及运转方法，属于医学仪器的技术领域。包括：进样机构，设于所述进样区的前端；移载机构，所述移载机构被设置为将指定样品架从进样区按照预定速度穿过取样区，送至回收区内；取样机构，设于所述取样区内；回收机构，设于所述回收区的后端，做回收处理。本发明通过设置不同类型的样品架实现了全血样覆盖，整个装置全程自动化进样取样和回收，并且设置了混匀滚轮，保证血样检测的准确性和信息录入的正确性，同时设置了急诊位进行紧急取样，增加了血样的覆盖面，大大提高了取样的效率和可靠性。