一种燃料电池系统及其运转方法，所述燃料电池系统包括燃料电池组、在将由燃料电池组排出的冷却水冷却后向燃料电池组投入而使冷却水循环时所必需的配管及循环泵、利用与冷却水的热交换将燃料加湿的燃料加湿器、利用与冷却水的热交换将空气加湿的空气加湿器、控制部，该控制部在系统停止时，使冷却水的循环继续进行，直至给定的冷却停止条件成立为止。所述燃料电池组包括层叠体，该层叠体是组合以下部件而形成的，即，在电解质膜的一面上接合了阳极而在电解质膜的另一面上接合了阴极的膜电极接合体、设置了向阳极供给燃料的燃料流路的燃料流路平板、设置了向阴极供给氧化剂的氧化剂流路的氧化剂流路平板、设置了冷却水所流过的冷却水流路的冷却水流路平板。