本发明公开了一种高阶BOC信号捕获方法及系统。方法包括：S1、对基带数据作点快速傅立叶变换，得到点频域变换结果；S2、将满足预设条件的序号所对应的变换结果置零：S3、对频域处理后的作点快速傅里叶逆变换，得到点频域滤波后的基带数据；S4、对频域滤波后的基带数据进行倍抽取，得到抽取后的基带数据，对应的采样率为，其中，，为满足的最大整数；S5、对抽取后采样率为的基带数据按照预设公式计算检测量：S6、根据所述检测量进行捕获判决。本发明使得抽取后的信号保留了原始信号的绝大部分能量，同时没有引起频谱混叠，可以保证其检测性能与抽取前的信号相当。