本发明公开了一种螺钉装载控制方法及其系统，控制方法通过防错装钉箱中的扫码组件及第一称重组件配合螺钉实现，对应螺钉设有识别码；当螺钉到达预备工位时，控制扫码组件对识别码进行扫码验证；若扫码验证的结果正确，则控制防错装钉箱进行开盖作业；当螺钉到达防错装钉箱中的装载工位，通过第一称重组件对螺钉进行第一称重验证；若第一称重验证的结果正确，则控制防错装钉箱对螺钉进行装载作业。通过扫码组件、第二称重组件、第一称重组件及计数组件在螺钉进行装载前及装载时进行双重检测，确保螺钉装载的型号及数量正确，且适用于单盒及多盒包装盒螺钉装载检测，避免少钉、错钉等现象发生，有效提高装载效率。