本发明公开了一种螺钉装配控制方法及其系统，适用于自动装配装置，控制方法通过自动装配装置中的装配机构和工件配合实现，具体包括：当工件到达装配工位时，控制装配机构根据第一预设路径移动至第一预备工位进行装钉作业；控制装配机构根据第二预设路径移动至装配工位对工件进行装配作业。通过对工件及装配机构的控制，实现了对工件进行自动化流水线的装配作业，不仅能有效提高工作装配的作业效率，且确保工件装配成品的质量品质。同时，在自动装配装置作业前通过螺钉检测器对装置装钉作业进行预先检测，且在装钉作业时通过螺钉检测器对装配所需螺钉数量及型号进行统计检测，确保装置作业效率以及装配准确度，有效提高工件装配质量。