本发明提供一种氢电混合动力系统的功率分配方法，属于燃料电池汽车及船舶技术领域，采用小波分解和重构算法提取电动机需求功率的低频成分，并运用傅里叶级数分解的方法将小波分解层数和低通滤波的截止频率与燃料电池的极限变载速率相关联，实现燃料电池的功率匹配，使燃料电池承担低频功率部分，辅助电源承担高频功率部分；采用SOC闭环控制策略给燃料电池输出功率叠加一个微调量，使辅助电源控制在正常范围内，进而保证动力系统的可靠运行，并减小控制难度。