本发明提供了一种覆岩离层钻孔注浆的方法，其特征在于，包括：在预设位置施做钻孔并进行固井，使所述第二钻孔位于所述第一钻孔内，所述第三钻孔位于所述第二钻孔内；在第一钻孔内设置第一套管，在第一套管的外壁与第一钻孔的内壁间形成第一井体；在第二钻孔内设置第二套管，在第二套管的外壁与第二钻孔的内壁间形成第二井体；通过第二套管以及第三钻孔对第一层关键层下方的第一离层区进行注浆；和/或通过第一套管内壁与第二套管外壁之间的环状间隙，对第二层关键层下方的第二离层区进行注浆。应用本发明可以实现在同一钻孔中对不层位的离层进行注浆，进一步地，还可以对不同层位的离层同时注浆。