本发明涉及一种酵素果冻，尤其是涉及一种蜜桃石榴胶原酵素果冻及其制备方法和应用。将果蔬混合加蔗糖打浆，巴氏杀菌，冷却至室温得到果蔬浆；加入纤维素酶和果胶酶，酶解，得到酶解液；加入一次发酵菌，发酵，得一次发酵液；加入由植物乳杆菌、嗜酸乳杆菌、副干酪乳杆菌及嗜热链球菌组成的二次发酵菌发酵，过滤除去杂质，得二次发酵液；再加入保护剂，保护剂包括海藻糖、木糖醇、氨基酸、甘油和羟丙基‑β‑环糊精，再加入胶原蛋白肽和预先溶化的琼脂混合均匀，然后加入芝士粉混合均匀，冷却后得到蜜桃石榴胶原酵素果冻。本发明制备的蜜桃石榴胶原酵素果冻SOD活性高，且具有较高的耐热性能、耐低温性能，有防止酵素失活的作用，保质期长。