本发明涉及一种基于肠道微生物的疾病风险评估模型构建方法及应用，所述方法至少包括：对样本测序数据进行质控和预处理；构建微生物种水平的相对丰度矩阵并提取特征矩阵；基于分类列和所述特征矩阵构建第一训练矩阵并且进行数据集训练；筛选所述第一训练矩阵中的若干最优特征列和样本分类列以构建第二训练矩阵；对所述第二训练矩阵进行数据集训练并基于训练结果构建风险评估模型。本发明通过等距log‑ratio和机器学习等算法对数据集进行标准化处理、数据挖掘和建模等，在疾病风险预测准确性上有了较大的提升，可以用于多种慢性疾病的发病风险提示和健康监测。