本申请涉及农药杀菌剂领域，尤其涉及一种立体异构体的烯酰吗啉的制备方法及其应用；所述方法包括：分别得到烯酰吗啉Z体、E体、非离子表面活性剂和有机溶剂；混合烯酰吗啉Z体和E体，以预设温度和有机溶剂进行溶解，得到第一混合液；加入非离子表面活性剂，后超声混合，得到第二混合液；搅拌冷却第二混合液，多次抽滤和溶解，得到第一固体物和第一滤液；将第一滤液多次冷结晶和多次过滤，分别得到第二固体物和第二滤液；将第二滤液进行逆流回收和回流，得到固体物料；固体物料、固体物和固体物筛分和混合，得到分布均匀的立体异构体的烯酰吗啉；所述应用包括：将所述方法得到的烯酰吗啉用于杀菌剂的制备中。