本发明涉及水凝胶的制备方法，尤其涉及一种包埋有氯喹类药物的水凝胶及其制备方法和应用，所述制备方法包括以下步骤：（1）向液体乳制品中加入氯喹类药物，混合均匀后，使液体乳制品发生相分离，得到混合液；（2）将对混合液进行剪切均质，得到均质液；（3）将均质液进行离心，离心完成后去除上清及其中未反应的氯喹类药物，取沉淀备用；（4）降低沉淀温度，使之成胶，得到包埋有氯喹类药物的水凝胶。本发明通过“破乳再组装、温控成胶”两步法制备羟氯喹‑乳制品柔性水凝胶具有重现性强、操作简单、反应快速、产率高。制备得到的水凝胶有望在免疫调节、抗疟疾疾病、消化疾病、抗病毒中的起到良好的应用。