本发明公开了一种多负载变频制冷系统及控制方法，包括：变频压缩机、与所述变频压缩机连接的风冷冷凝器、与所述风冷冷凝器连通的储液器、与所述储液器相邻设置的视镜以及与所述视镜相邻设置的电磁阀，所述变频压缩机与风冷冷凝器的一端均分别连接有第一负载冷库与第二负载冷库，所述第一负载冷库与第二负载冷库之间并联连接；第一负载冷库与第二负载冷库的库温不同，且第一负载冷库与第二负载冷库之间的结构相同。根据本发明，通过调节压缩机转速、不同制冷剂管道上电磁阀的通断与冷凝盘管风机风速，达到同一制冷系统控制多个不同库温冷库内温度恒定的同时，节约能耗的目的。