本发明提供了一种浸没式相变机台的运作参数设定方法，首先将一发热模组设置于一浸没式相变机台的一密闭空间内；接着控制发热模组以一预设功率进行运作；然后将一工作流体以一初始填充率注入密闭空间内，侦测与纪录一第一初始稳态平衡温度；之后，将初始填充率逐次加上一变异填充率以定义为多个不同的实验填充率，将工作流体以递增的实验填充率注入密闭空间内，侦测与纪录多个第一实验稳态平衡温度；最后，在第一初始稳态平衡温度与第一实验稳态平衡温度中选取一第一最低稳态平衡温度，并将初始填充率与实验填充率其中相对应者定义为一最佳填充率。