本发明提供了一种考虑边界交叉口排队长度的信号灯控制方法及系统，包括：获取路网信息；对获取的路网进行划分，得到多个路网子区；根据路网子区的相关数据，拟合得到宏观基本图，并根据宏观基本图的拟合度选取受控子区；确定受控子区内累计车辆数和受控子区边界交叉口路段实际排队长度；依据确定的受控子区内累计车辆数和受控子区边界交叉口路段实际排队长度，以及预设的控制策略，得到绿灯时长控制结果；本发明从宏观角度出发，基于宏观基本图理论进行宏观控制，从而缓解交通拥堵现象，同时，基于宏观基本图理论的基础上，考虑了边界交叉口的排队长度，实现了对边界交叉绿灯时间的二次调控。