本发明公开一种用于对注射用蒸馏水机冷凝器的冷却系统及冷却方法，其中：换热器被冷却管道的入口与冷凝器的出口连接；冷却水箱入口与换热器出口连接；第一循环泵与冷却水箱的出口连接，将冷却水箱的水输送到冷凝器；冷凝器的出口和冷凝器的入口之间设有短路循环管道，并在短路循环管道上设有第一控制阀，在冷凝器的入口设有第二控制阀，在冷凝器的出口设有第三控制阀，当冷凝器内工作温度等于或超过预设值，第一控制阀关闭，第二控制阀和第三控制阀打开；当冷凝器内工作温度低于预设值时，第一控制阀打开，第二控制阀和第三控制阀关闭。本发明提供的冷却系统和冷却方法，用于冷却注射用蒸馏水机的冷凝器，节省能源，冷却效果好。