本发明涉及一种基于petri网的系统脆弱性分析方法、系统和计算机可读存储介质。所述方法包括基于串联、并联和串并联混合的攻击顺序模拟初始节点到目标节点的感染过程以构建Petri网感染模型；基于所述Petri网感染模型、不同的感染概率与修复概率，计算不同状态下目标节点被成功攻击的概率；基于所述不同状态下目标节点被成功攻击的概率调节网络结构。本发明利用petri网对网络节点攻击行为的动态流程进行建模，可以动态地刻画网络种各节点的状态；针对不同系统网络节点连接情况进行了安全性分析，根据设置不同的攻击概率与修复概率，得出对系统脆弱性的影响；由此可以调整网络结构以增强防护能力和提高系统安全。